Cirka 20 år efter händelserna i Deus Ex är världen bara början att återhämta sig från en katastrofal världsomspännande depression. Under perioden Chaotic för återvinning finns flera religiösa och politiska fraktionerna möjlighet att re-shape en världsomspännande regering till sina dagordningar, förstå att rätt flyttas nu kunde bestämma formen av det mänskliga samhället under decennier, även århundraden framöver. I denna techno-mardröm, delta i mörkt kampen för att höja världen från sin egen aska.